Salaire pendant un arrêt maladie, qui paie quoi et à partir de quand ?

Quand un arrêt de travail tombe, la même inquiétude revient presque tout de suite sur la fiche de paie. Le sujet du salaire pendant un arrêt maladie, qui paie quoi et à partir de quand, n’est pas si simple, parce qu’il mêle Assurance Maladie, employeur, ancienneté et parfois convention collective. Entre les 3 jours de carence, les indemnités journalières, la subrogation et le maintien de salaire, on peut vite s’y perdre. Voici ce qu’il faut regarder, dans quel ordre, et les cas qui changent vraiment la donne.

Qui paie pendant un arrêt maladie ?

Le paiement est partagé entre deux acteurs. D’un côté, la caisse d’assurance maladie verse les indemnités journalières pour compenser une partie du salaire perdu. De l’autre, l’employeur peut avoir à verser un complément, ce qu’on appelle souvent le maintien de salaire.

Dans la pratique, il existe aussi un cas très fréquent sur la fiche de paie : la subrogation. L’employeur reçoit alors les indemnités journalières à votre place et vous reverse l’ensemble sur votre salaire maintenu. C’est plus lisible sur le bulletin, mais cela ne change pas le financeur réel : la CPAM paie les IJ, l’entreprise verse le complément prévu.

À partir de quand l’Assurance Maladie paie

Pour un arrêt maladie ordinaire, les indemnités journalières sont dues à compter du 4e jour d’arrêt. Les 3 premiers jours correspondent au délai de carence. Tant qu’aucune règle plus favorable ne s’applique dans l’entreprise, ces 3 jours peuvent donc rester sans indemnité de la CPAM.

Ameli précise aussi le rythme de versement : après traitement du dossier, les indemnités sont ensuite payées tous les 14 jours en moyenne. Il faut donc distinguer deux choses : la date à partir de laquelle le droit s’ouvre, et la date réelle de paiement, qui dépend du traitement du dossier et de l’attestation de salaire envoyée par l’employeur.

Comment sont calculées les indemnités journalières ?

Le calcul de la CPAM repose sur le salaire journalier de base. Il est établi à partir de la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois précédant l’arrêt. Pour une activité saisonnière, la base passe à 12 mois. L’indemnité journalière correspond à 50 % de ce salaire journalier de base.

Il y a un plafond. Le salaire retenu est limité à 1,4 fois le Smic mensuel, soit 2 613,83 € bruts pour les arrêts débutant à compter du 1er juillet. Au-delà, l’indemnité n’augmente plus. Le plafond d’IJ atteint alors 42,97 € bruts par jour. Exemple donné par Ameli : pour un salaire de 75 € par jour, l’indemnité est de 37,50 € bruts par jour.

Le maintien de salaire par l’employeur commence quand

Le complément employeur ne démarre pas au même moment que les IJ. Au minimum légal, il commence à partir du 8e jour d’arrêt, donc après un délai de carence de 7 jours côté employeur. C’est ce décalage qui explique qu’on puisse recevoir des IJ de la CPAM avant de voir apparaître un complément sur la paie.

Le point qui change tout, c’est la règle applicable dans l’entreprise. Le Code du travail pose un socle, mais un accord d’entreprise, un accord de groupe, un accord d’établissement, la convention collective ou même le contrat de travail peuvent prévoir mieux. Le Code du travail numérique le rappelle clairement : il faut regarder la règle la plus favorable applicable dans l’entreprise, sous réserve du minimum légal. Pour comprendre ce que couvre exactement la carence, vous pouvez aussi lire notre article sur les jours de carence en arrêt maladie.

Est-on payé à 100 % pendant un arrêt maladie

Pas automatiquement. Au régime légal, le maintien de salaire ne garantit pas d’emblée 100 % du revenu habituel dans tous les cas. La règle de base souvent citée est un maintien à 90 % du salaire brut pendant une première période, puis à 2/3 du salaire brut pendant la suivante, avec une durée qui augmente selon l’ancienneté. Mais ce cadre peut être nettement amélioré par les textes applicables dans l’entreprise.

C’est là que beaucoup de salariés se trompent. Un arrêt maladie peut être payé à 100 %, mais seulement si la convention collective, un accord interne ou le contrat le prévoit. Certaines entreprises neutralisent aussi la carence, d’autres non. En clair, il n’existe pas une réponse unique valable pour tous les bulletins de paie.

Les cas où la carence change

Les 3 jours de carence de la CPAM ne s’appliquent pas toujours de la même manière. Il n’y a pas ce délai pour un accident du travail ou une maladie professionnelle. Et lorsqu’un arrêt est lié à une affection de longue durée, la carence n’est retenue que pour le premier arrêt sur une période de 3 ans, si les arrêts sont en rapport avec cette maladie.

Autre cas utile à connaître : si une prolongation intervient après une reprise d’activité de 48 heures maximum entre l’arrêt initial et la prolongation, la carence n’est pas réappliquée. Il existe aussi une règle spécifique après une interruption spontanée de grossesse. Ces exceptions comptent beaucoup, parce qu’elles modifient le tout début de l’indemnisation, là où la perte de revenu se sent le plus.

Quelles conditions faut-il remplir pour être indemnisé ?

Pour un arrêt de moins de 6 mois, il faut avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois ou 90 jours précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le Smic horaire sur les 6 mois précédents. Avec le Smic horaire brut de 12,31 €, cela représente 12 494,65 €.

Pour un arrêt de plus de 6 mois, les conditions montent d’un cran : il faut être affilié à l’Assurance Maladie depuis 12 mois à la date de l’arrêt, et avoir travaillé au moins 600 heures sur les 12 mois précédents, ou avoir cotisé sur un salaire d’au moins 24 989,30 €, soit 2 030 fois le Smic horaire. Les travailleurs saisonniers ou à activité discontinue relèvent aussi de règles particulières. Et si la situation se complique avec une reprise, une rechute ou une articulation avec d’autres droits, mieux vaut vérifier en parallèle ce qui se passe pour la carence et l’indemnisation, car c’est souvent là que naissent les écarts de paie.

Arrêt maladie et salaire, les démarches qui bloquent souvent le paiement

Un droit ouvert ne suffit pas si la procédure dérape. Vous avez 48 heures pour transmettre l’avis d’arrêt à l’employeur et, en cas de formulaire papier, à la caisse. S’il y a plusieurs employeurs, chacun doit recevoir son exemplaire et établir une attestation de salaire. Sans cette attestation, les indemnités prennent du retard.

Depuis le 1er juillet 2025, un arrêt papier doit être établi sur le Cerfa sécurisé. Les scans et photocopies sont rejetés. Autre point très concret : un arrêt prescrit en téléconsultation ne peut, en principe, pas dépasser 3 jours pour la prescription initiale ou le premier renouvellement, et aucun renouvellement ultérieur ne peut être prescrit à distance, sauf exceptions. Depuis le 1er septembre, la prescription initiale ne peut en principe pas dépasser 31 jours, et chaque prolongation 62 jours. Si ces règles ne sont pas respectées, la CPAM peut refuser les indemnités journalières.

Dépression, grossesse, arrêt long, quand il faut vérifier sa situation

Un arrêt pour dépression suit, pour l’indemnisation, les mêmes grands principes qu’un autre arrêt maladie non professionnel : carence, IJ, éventuel complément employeur et règles de convention collective. Il n’existe pas, en soi, de maintien automatique à 100 % parce que le motif de l’arrêt est psychique. En revanche, la durée, les prolongations et l’existence d’une affection de longue durée peuvent changer la façon dont la carence s’applique.

La grossesse impose une attention particulière, parce que certains arrêts obéissent à des règles distinctes, et les limitations de téléconsultation ne s’appliquent pas à l’état pathologique de la grossesse. Si l’arrêt se prolonge, si le revenu attendu ne correspond pas au bulletin de paie, ou si le motif médical soulève une question précise, il faut faire le point avec le service paie, la caisse et le professionnel de santé qui suit la situation. Cet article donne une information générale ; il ne remplace pas un avis médical, et en cas de doute, de symptômes, de grossesse ou de situation particulière, il est préférable de consulter.

Questions fréquentes

Comment se passe le paiement du salaire en arrêt maladie ?

Le plus souvent, la CPAM verse des indemnités journalières à partir du 4e jour d’arrêt, puis l’employeur complète si un maintien de salaire s’applique. Quand il y a subrogation, c’est l’employeur qui reçoit les IJ et les réintègre sur la paie. Le bulletin de salaire peut alors sembler « normal » alors qu’il combine en réalité deux financeurs.

Quel salaire touche-t-on quand on est en arrêt maladie ?

La base de la CPAM est de 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des 3 derniers mois bruts. Le plafond est de 42,97 € bruts par jour pour les arrêts prescrits à compter de juillet. Le montant final réellement perçu dépend ensuite du complément employeur, de la convention collective et du prélèvement à la source.

Est-ce que mon salaire est maintenu à 100 % pendant un arrêt de travail pour dépression ?

Pas de façon automatique. Le motif « dépression » ne crée pas, à lui seul, un droit général à 100 % du salaire. Il faut vérifier la convention collective, l’accord d’entreprise, l’ancienneté et le mécanisme de maintien prévu par l’employeur.

Qui paie les 3 premiers jours d’arrêt maladie ?

Pour un arrêt maladie ordinaire, la CPAM ne verse rien pendant les 3 premiers jours. Ces jours peuvent rester sans indemnisation, sauf si la convention collective, un accord d’entreprise ou le contrat prévoit un maintien plus favorable. Certaines situations échappent aussi à cette carence, comme l’accident du travail ou la maladie professionnelle.

Combien de temps peut durer un arrêt maladie indemnisé ?

Ameli indique qu’on peut bénéficier de 360 jours d’indemnités journalières sur une période maximale de 3 ans. En cas d’affection de longue durée, les IJ peuvent être versées pendant 3 ans. Mais à partir du 15 octobre, le Code du travail numérique annonce un changement : les indemnités journalières seraient versées pendant 1 an maximum au lieu de 3 ans actuellement.

Que se passe-t-il si l’arrêt est envoyé en retard ?

L’avis d’arrêt doit être transmis sous 48 heures. Un retard peut compliquer ou retarder l’indemnisation, et l’absence de document conforme bloque le dossier. Si la situation est particulière, mieux vaut contacter rapidement la caisse et l’employeur pour régulariser sans attendre.

Un arrêt prescrit en téléconsultation est-il payé normalement ?

Seulement dans certaines limites. En principe, la prescription ou le premier renouvellement à distance ne peut pas dépasser 3 jours, et aucun renouvellement ultérieur ne peut être prescrit en téléconsultation. Des exceptions existent avec le médecin traitant, la sage-femme référente ou l’impossibilité de consulter en présentiel.

Sources

Sources consultées le 29 septembre 2026.

Informations vérifiées à cette date ; des évolutions ultérieures sont possibles. Vérifiez auprès de la source officielle.

1. Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié | ameli.fr | Assuré, www.ameli.fr/assure/remboursements/indemnites-journalieres-maladie-maternite-paternite/indemnites-journalieres-pour-maladie/arret-maladie-salarie
2. code.travail.gouv.fr/actualite/arret-maladie-quelle-est-la-duree-maximale-dun-arret-de-travail-a-partir-du-1er-septembre-2026
3. code.travail.gouv.fr/fiche-service-public/arret-maladie-indemnites-journalieres-versees-au-salarie